【胎動編 あらすじ】
惑星クレイは、ある宇宙のどこかにある地球とよく似た惑星。
この星にはドラゴンなど伝説的な生き物が暮らし、魔法や超科学までが実在していた。しかし、ある日、世界から加護と魔法が失われ、人々は絶望に包まれてしまった。
そんな惑星クレイにある竜の帝国ドラゴンエンパイア。
その奥地に、惑星クレイ最古といわれる暁紅院（ぎょうこういん）があった。
焔の巫女リノは暁紅院の命により、天輪竜の卵サンライズ・エッグを連れ、仲間とともに“世界の希望を探す旅”に出かける。
リノは旅の途中、精霊トリクスタに出会う。トリクスタは人々の希望の祈りを叶え、リノたちを守り危機から救うタリスマン「ヴェルリーナ」に変身することができた。
【封焔篇 あらすじ】
惑星クレイを旅するリノたち焔の巫女は、いつの頃からか「国境なき癒やし手」として注目を集めるようになっていた。
そんな折、天輪竜の卵サンライズ・エッグが竜の一味によって盗まれる。それは封焔の巫女バヴサーガラの仕業だった。バヴサーガラは三千年あまり、衰退する世界の絶望を見つめ《封焔竜》の一党を結成、救いと世の中の革新を求める人々に信奉される存在だった。絶望の祈りを受け、古（いにしえ）の魔術の力でサンライズ・エッグを無理矢理孵化（ふか）させようとしたバヴサーガラだったが、この試みは失敗。
サンライズ・エッグを取り返すため、大陸を超え、海を渡って必死に追跡してきたリノとトリクスタの前で、バヴサーガラは謎めいた言葉を残して消える。
『次に天輪と滅日（ほろび）が出会う時、この惑星（ほし）に審判が下されよう』
【覚醒編 あらすじ】
かつて破壊神ギーゼが滅び、広大なクレーターとなった海「ギーゼエンド湾」。
この地で封焔の巫女バヴサーガラと絶望の精霊トリクムーン、焔の巫女リノと希望の精霊トリクスタが対決する。それに呼応するように、惑星クレイ全土で《絶望の群衆》が発生し、各地で暴動が起き始めていた。バヴサーガラと絶望が象徴するのは世界を破壊し再生しようとする力《滅日（ほろび）》、リノと希望の側が象徴するのは太陽の神格の力で宇宙と世界を温め活気づける《天輪》。惑星クレイの生物の多くがそのどちらを望むかによってこの世界の未来が決まる。
希望と絶望、それぞれを代表して激突するバヴサーガラと、ヴェルリーナに変身（オーバードレス）したトリクスタ。その戦いの半ばで《世界の選択》が成され、希望が勝利する。サンライズ・エッグは世界を太陽の力で照らす神格、天輪真竜マハーニルヴァーナに昇華して、聖なる灰となる。
こうして、ついに惑星クレイの新たな時代《天輪聖紀》の幕が上がったのだった。
【世界樹篇 導入あらすじ】
封焔の巫女バヴサーガラは、絶望の力で世界を変えようとする野望を捨て、偽りの肉体として借りてきた人間リノリリとも和解してひとつの身体を共有。いまは天輪竜を支え、リノと同じ道を歩む友となっていた。
一方、惑星クレイを希望の光で照らす新たな神格ニルヴァーナとなり、自らの身を焼いて「聖なる遺灰」となっていた天輪竜の卵、「サンライズ・エッグ」だった存在も暁紅院の焔の巫女たちの復活の儀式によって、再生の兆候を見せていた。世が乱れる時、天輪聖竜もまた蘇る。果たして、惑星クレイにまた予期せぬ危機が迫っているのだろうか……。