【龍樹の前兆とグリフォシィド到来】
惑星クレイの運命力を脅かした龍樹。
後の龍樹侵攻につながる一連の出来事は、それ以前から「世界樹の異常」として前兆が現れていた。
最初にその異変と直面したのが、ストイケイアのリアノーンと『世界樹の音楽隊(ワールドツリー・マーチングバンド)』である。彼女らは世界樹とその周辺に不審な影、悪意の先兵の姿を認める。
またこの“悪意”はケテルサンクチュアリの叛乱未遂事件においても、旧都に安置された「白き世界樹」の浸食という形で顕在化するのだった。
悪意の前兆は惑星クレイの賢者、予言者たちにも同様にその気配を察知されていたが、真実は巧みに擬装されていた。唯一その核心を探り当てた魔宝竜ドラジュエルドも龍樹の種グリフォシィドの手に落ち、手がかりが失われたまま時間だけが経過してゆくことになる。
【龍樹侵攻①：マスクス結成】
龍樹は、惑星クレイの住民の中でも特に戦闘力や魔力、感覚や知性に秀でた者たちを“使用する者に飛び抜けた力を与える仮面”によって誘惑し、侵攻の中核をなす重鎮「マスクス」を結成する。
今までにも惑星クレイを脅かした敵の軍門に住民が下った例は少なくないが、マスクスが特異なのはすべて自主的に何らかの目的があって、仮面を被り協力者となった事だ。さらにマスクスは一枚岩ではなく、参加と同じように脱退もまた自由というこれも奇妙な特性を持っていた。
【龍樹侵攻②：圧倒的攻勢～最終局面】
龍樹の本格的な攻勢は、その本拠地がギーゼ＝エンド湾（擬態されているため普通の海面にしか見えない）にあることが抵抗勢力に露見した瞬間から始まる。
龍樹の力によって1年後の未来まで飛ばされたリノたち天輪の一行。ケテルサンクチュアリ防衛省長官バスティオンら水晶玉(マジックターミナル)は天輪の帰還までを耐え忍び、マスクスを一人一人退けてゆく。そして、リノたち焔の巫女とトリクスタ、天輪竜の卵サプライズ・エッグはついに巨大化した真の敵、滅尽の覇龍樹グリフォギィラ・ヴァルテクスと対決する。